La biodiversità del Mar Ligure comprende ovviamente anche specie che non sono destinate al consumo umano.
Alcune di queste, semplicemente perchè non commestibili, altre perchè negli anni passati sono state oggetto di cattura a tal punto in alcuni casi da minacciarne la sopravvivenza.
È il caso del pesce luna, che fino agli anni '90 veniva normalmente pescato, per poi diventare specie protetta dalla Comunità Europea, oppure dei coralli, la cui lavorazione nei secoli scorsi portava introiti non indifferenti ad alcune località della Riviera.
Un caso a parte sono poi i cetacei, in particolare stenelle e tursiopi, che arrivano a interagire con i pescatori in maniera molto diretta. In primo luogo in quanto competitori nella ricerca di altre specie edibili, in secondo luogo perché hanno imparato con il tempo a sfruttare i sistemi di pesca dell'uomo a loro favore. È dimostrato infatti da studi scientifici che questi mammiferi sono in grado di predare le reti dei molluschi catturati, a volte arrivando a causare danni alle reti stesse.
La pesca del tonno rosso è regolamentata da quote stabilite dalla Comunità Europea. In Liguria non è catturabile.
Dimensione minima dell'acciuga catturabile
Soltanto i pescatori professionisti possono pescare i crostacei.
